Die Zollnersee Hütte wurde 1976 als einfacher Stützpunkt am Karnischen Höhenweg erbaut und auf den Namen des damaligen Vorsitzenden der Ortsgruppe Obergailtal-Lesachtal der Sektion Austria, Dr. Ernst Steinwender, getauft.

Nach dem großen Umbau Ende der Achtzigerjahre wurde die Hütte mit dem Umweltgütesiegel ausgezeichnet.

Im Jahr 2006 erwarb die seit 1994 wieder selbständige Sektion Obergailtal-Lesachtal die Hütte, benannte sie in Zollnersee Hütte um und führt seither umfangreiche Sanierungs- und Verbesserungsarbeiten in und um die Hütte durch.

In unmittelbarer Nähe der Hütte steht die Zollner-Friedenskapelle, die an die Toten der hier verlaufenen Front des Ersten Weltkrieges erinnern und zum Frieden mahnen soll.